Le reazioni alla chemioterapia variano da individuo a individuo: alcuni pazienti accusano pochissimi effetti collaterali; altri invece  presentano effetti collaterali maggiori. Non necessariamente gli effetti collaterali descritti colpiranno tutti i pazienti affetti da glioma che si sottopongono al trattamento.

Soprattutto nella fase iniziale di malattia, gli effetti collaterali sono la maggior causa di preoccupazione per il malato ed il care-giver. I trattamenti chemioterapici utilizzati nel tumore cerebrale sono generalmente ben tollerati ma gli effetti indesiderati vanno sempre individuati al fine di non interferire sulla qualità di vita del malato. Inoltre, è importante conoscere quali effetti collaterali ci si può attendere per poterli gestire al meglio.

Gli effetti indesiderati sono nella maggior parte dei casi di breve durata e svaniscono con la fine del trattamento mentre la tossicità a lungo termine è bassa. Possono essere utilizzati farmaci e metodi per alleviare alcune delle conseguenze (ad esempio la nausea).

I principali organi che possono risentire della chemioterapia sono quelli in cui le cellule normali proliferano rapidamente, vale a dire il midollo osseo, la mucosa che riveste la bocca e l’apparato digerente, la cute e i follicoli piliferi.

Anche se la chemioterapia può comportare effetti collaterali fastidiosi, questi devono sempre essere comparati con i benefici che il trattamento produce. Gli effetti collaterali che più interferiscono con una buona qualità della vita (diarrea, vomito, dolori, stitichezza e fatigue) sono spesso prevenibili o comunque controllabili con la somministrazione di farmaci specifici.